Modules list as of May 18 2024

Software	Version(s)
aligntk	1.0.2
alnpack	2.1
alphafold	2.0.0 , 2.0.1 , 2.1.1 , 2.2.0 , 2.3.1
annovar	20160201-patched , 20170601
ashlar	1.11.1 , 1.12.0 , 1.13.0 , 1.7.0
atlas	3.10.3
bamreadcount	0.8.0
bamtofastq	1.3.2
bamtools	2.4.1 , 2.5.1
bcbio	latest
bcftools	1.10.2 , 1.13 , 1.14 , 1.3.1 , 1.9
bcl2fastq	2.17.1.14 , 2.18.0.12 , 2.19.1.403 , 2.20.0.422
bclConvert	4.2.7
bedops	2.4.30
bedtools	2.26.0 , 2.27.1 , 2.30.0
beta	1.0.7
bioformats2ometiff	0.1 , 0.2.1 , 0.2.2 , 0.2.6
biogrids	latest
bio-samtools	1.43
bismark	0.24.1
bison	3.0.4
blast	2.10.1+ , 2.12.0+ , 2.6.0+
blast-legacy	2.2.26
blat	35
boost	1.57.0 , 1.57.0.gcc.4.8.5 , 1.62.0 , 1.75.0
bowtie	1.2.1.1 , 1.2.2
bowtie2	2.2.9 , 2.3.4.3 , 2.5.1
breseq	0.29.0 , 0.32.0
bwa	0.6.2 , 0.7.15 , 0.7.17 , 0.7.8
caffe	1.0
cairo	1.14.6 , 1.14.6-R , 1.16.0
cdhit	4.6.8
cellranger	2.1.1 , 2.2.0 , 3.0.0 , 3.0.2 , 3.1.0 , 4.0.0 , 5.0.0 , 6.0.0 , 6.1.0 , 6.1.2 , 7.0.0 , 7.1.0
cellranger-ARC	1.0.0 , 2.0.0
cellranger-ATAC	1.0.1 , 1.1.0 , 2.0.0 , 2.1.0
cmake	3.14.1 , 3.22.2 , 3.7.1 , 3.7.1.gcc.4.8.5
CNVnator	0.3.3
conda2	4.2.13
conda3	latest
csubmitter	dev , latest
cuda	10.0 , 10.1 , 10.2 , 11.2 , 11.7 , 12.1 , 8.0 , 9.0
cufflinks	2.2.1
cutadapt	1.14 , 2.5 , 4.1
cython	0.25.1
datamash	1.2
deeptools	2.5.3 , 3.0.0 , 3.0.2 , 3.5.0
dmtcp	latest
fastqc	0.10.1 , 0.11.3 , 0.11.5 , 0.11.9 , 0.12.1
fastq_screen	0.11.2
fastx	0.0.13
ffmpeg	3.3.3
fftw	3.3.10 , 3.3.6-pl1 , 3.3.6-pl1-mpi , 3.3.6-pl1_mpi_gcc-4.8.5 , 3.3.7
fiji	2 , 2.11292018
fontconfig	2.12.1 , 2.13.94
freebayes	1.3.2
freetds	1.00.84 , 1.2.21 , 1.3.18
freetype	2.11.1 , 2.7
gatk	3.5 , 3.7 , 4.0.0.0 , 4.1.9.0
gcc	4.7.4 , 4.8.5 , 6.2.0 , 9.2.0
gdal	3.0.2 , 3.1.4 , 3.5.0
gdb	7.12
gdc-client	1.3.0
gemini	0.30.2
genrich	0.6
geos	3.10.2 , 3.11.2 , 3.8.1
ghostscript	9.21 , 9.24
git2	1.1.0
git	2.35.3 , 2.9.5
glib	2.50.2 , 2.56.1 , 2.57.3 , 2.72.1
glpk	5.0
gmap-gsnap	2018.02.12
gnuplot	5.0.5 , 5.4.3
go	1.13 , 1.9.2
gobject	1.54.1
graph-tool	2.26
graphviz	2.40.1 , 3.0.0
gromacs	2018.2 , 2018.2.gpu , 2020.1 , 2020.1.gpu , 2022.5 , 2022.5.gpu , 2023 , 2023.gpu
gsl	2.3 , 2.6 , 2.7.1
gurobi	8.1.1 , 9.5.2
harfbuzz	1.3.4 , 3.3.2
hdf5	1.10.1 , 1.10.1-gcc-4.8.5 , 1.12.0 , 1.12.1 , 1.14.0
hh-suite	3.3.0
hisat2	2.0.5 , 2.1.0 , 2.2.1
hmmer	3.2.1 , 3.3.2
homer	4.10.3 , 4.11.1 , 4.9
htseq	0.12.4 , 0.9.1
htslib	1.10.2 , 1.13 , 1.14 , 1.3.2 , 1.9.0
ice	3.5.1 , 3.6.4
idr	2.0.2
igv	2.16.2 , 2.3.97 , 2.4.9
igvtools	2.3.88 , 2.3.98
imageJ	1.51r
imageMagick	6.9.1.10 , 7.1.0
intel	2016
itasser	5.1
java	jdk-11.0.11 , jdk-17.0.7 , jdk-1.7u80 , jdk-1.8u112 , jdk-21.0.2
jellyfish	2.2.6 , 2.3.0
jpeg	9b
jpeg-turbo	2.1.2
kallisto	0.43.1 , 0.45.1 , 0.46.2 , 0.46.2.hdf5
lapacke	3.6.1
libffi	3.2.1 , 3.4.2
libpng	1.2.59 , 1.6.26 , 1.6.37
libxml	2.9.11 , 2.9.4
lmod	7.5.17
localcolabfold	1.3.0 , 1.5.2
macs2	2.1.1.20160309
mageck	0.5.6 , 0.5.9.4
mathematica	11.2.0 , 12.1.1 , 12.3.1
matlab	2016b , 2017a , 2017b , 2018a , 2018b , 2019a , 2019b , 2020a , 2020b , 2021a , 2021b , 2022a , 2022b , 2023a
meme	4.12.0 , 4.12.0-serial , 5.0.2 , 5.0.3 , 5.3.3
miniconda3	23.1.0 , 4.10.3
mmseqs2	14-7e284 , 15-6f452
msodbcsql17	17.10.2.1-1 , 17.7.2.1-1
msodbcsql18	18.2.1.1-1
multiqc	1.12 , 1.15 , 1.21 , 1.3 , 1.5 , 1.9
mysql	55
namd	2020
netcdf	4.9.2
novoalign	3.09.01
nupack	3.2.2
omero	5.2.5.42 , 5.4.10.46 , 5.4.10.56 , 5.4.10.65 , 5.4.5.18 , 5.4.6.21 , 5.4.7.25 , 5.6.1.27 , 5.6.9
openblas	0.2.19 , 0.3.19
opencv	3.3.1 , 4.1.0
openfold	1.0.1
openjpeg	2.2.0
openmpi	2.0.1 , 2.0.1_gcc-4.8.5 , 3.1.0 , 4.0.3 , 4.1.1 , 4.1.2
opensim	4.3.1
openslide	3.4.1
pandoc	2.1.1
pango	1.40.3 , 1.50.4
perl	5.24.0 , 5.30.0
picard	2.27.5 , 2.8.0
pigz	2.3.4
pixman	0.34.0 , 0.40.0
plink	1.07
plink2	1.90 , 2.0 , 2.0.20220814
plinkseq	0.10
postgresql	15.2 , 9.6
primer3	2.3.7
protobuf	2.5.0
pycairo	1.15.1
pyodbc	4.0.23
python	2.7.12 , 2.7.12-ucs4 , 3.10.11 , 3.6.0 , 3.7.4 , 3.8.12 , 3.9.14
pytorch-caffe	2.0
qctool	2.0.8
qualimap	2.2.1
queue	3.7
R	3.2.5 , 3.3.3 , 3.4.1 , 3.4.1-extra , 3.5.1 , 3.5.1-extra , 3.6.1 , 4.0.1 , 4.1.1 , 4.1.2 , 4.2.1 , 4.3.1 , 4.3.3 , 4.4.0
rcbio	1.0 , 1.1 , 1.2 , 1.3 , 1.3.1 , 1.3.2 , 1.3.3 , 1.3.4
relion	1.4 , 2.0 , 3.0.5 , 3.0.5-gpu , 3.1.1 , 4.0.0 , 4.0.1
rosetta	3.13
rscape	1.6.1 , 2.0.0c
rsem	1.3.0
rseqc	2.6.4
rstudio_launcher	1.0 , 2022.02.1
salmon	1.2.1 , 1.4.0 , 1.6.0 , 1.8.0
sambamba	0.7.1
samtools	0.1.19 , 1.10 , 1.13 , 1.14 , 1.15.1 , 1.3.1 , 1.9
sbgrid	latest
settarg	7.5.17
singular	4.1.3
skewer	0.2.2
slurm-drmaa	1.1.4
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snpEff	3.6 , 4.3g
spaceranger	2.1.0
spark	2.3.1 , 3.2.1
sqlite3	3.43.1
sratoolkit	2.10.5 , 2.10.7 , 2.8.1 , 2.9.0 , 3.0.2
star	2.5.2b , 2.5.4a , 2.7.0a , 2.7.0f , 2.7.3a , 2.7.9a
stitcher	0.4.3
stringtie	1.3.3b
subread	1.5.1 , 1.6.0 , 1.6.2 , 2.0.0
symphony	5.6.16
texinfo	6.3
texlive	2007
tiff	4.0.7 , 4.3.0
tophat	2.1.0 , 2.1.1
trimgalore	0.4.5 , 0.6.6
trimmomatic	0.36
ucsc-tools	363
udunits	2.2.26 , 2.2.28
unixODBC	2.3.11 , 2.3.6
vcflib	1.0.0-rc0
vcftools	0.1.15 , 0.1.16
velvet	1.2.10
vt	0.577
xz	5.2.3 , 5.2.5
zeromq	4.2.5